C’est pendant ses études à l’université Paris 8 que Marie Cogné réalise son premier court-métrage, en 16mm. Subventionné par le CNC (aide sélective avant réalisation) et réalisé dans le cadre du G.R.E.C., Les deux font l’impaire (2000) est sélectionné en compétition à Pantin, et obtient le Prix du film jeune et le Prix du langage cinématographique le plus innovateur au Festival de la FFCV de Paris. Elle travaille également sur les films d’autres réalisateurs. En 2013, elle fait l’image sur le court-métrage Amoureux Solitaires de Luc Battiston (nombreuses sélections en festivals, dont Pantin, Clermont-Ferrand, et récompensé du Prix Qualité du CNC). En 2017, elle monte l’animatic du court-métrage d’animation La mort, Père et fils de Vincent Paronnaud (Winshlus) et Denis Walgenwitz (plus de 100 sélections en festivals et 19 prix, nommé aux Césars 2019). Parallèlement, entre 2005 et 2016, elle réalise une douzaine de making of, pour des films tels que Persepolis de Marjane Satrapi et Vincent Paronnaud, La tourneuse de pages de Denis Dercourt, Simon Werner a disparu de Fabrice Gobert, Le Moine de Dominik Moll... (pour Diaphana, 2.4.7. Films ou Je Suis Bien Content). Depuis 2014, elle enseigne à l’université Paris 8 en tant que chargée de cours.